Nació el 21 de mayo de 1860 en la isla de Java, cuando Indonesia todavía era una colonia holandesa.
Creció aspirando a seguir los pasos de su padre, Jacob Einthoven, que había sido médico civil y militar.
En 1886, con solo 26 años, ya se había convertido en profesor de fisiología en la Universidad de Leiden, una de las más antiguas de Holanda.
Suyo es el invento de la electrocardiografía, un método rápido, indoloro y eficaz para estudiar los ritmos del corazón y diagnosticar enfermedades cardiovasculares.